Di Eraclea si inizia a parlare ufficialmente intorno al 640 quando attraverso la bolla pontificia di Papa Severino fu nominata nuova diocesi assieme all' isola di Torcello.

La storia di questa città ha tuttavia inizio molto prima. Come la vicina Jesolo, fu fondata dalle popolazioni della antica Oderzo che per sfuggire alla discesa dei galli si rifugiarono nella vicina zona lagunare, dando origine sull' Isola di Melidissa al primo insediamento dal quale si sviluppò in seguito la città di Eraclea.

Fu qui che la potente Oderzo ( Opitergium ) durante le invasioni dei barbari spostò il governo bizantino e fu sempre qui che nel 638 il vescovo San Magno assieme alle famiglie più potenti della città si rifugiò .

La nuova città cosi creatasi prese il nome di Heraclia in onore all' Imperatore d'Oriente ERACLIO, il quale aveva impedito l'espandersi dei barbari Longobardi nella laguna Veneta. 

In seguito Eraclea divenne un importante punto strategico per gli scambi commerciali sia con la corte bizantina che con quella longobarda di Pavia.

La città di Eraclea va anche ricordata perchè sede del primo Doge della storia Veneta. Importanti reperti archeologici che testimoniano la grande storia di questa piccola città, sono oggi conservati in vari musei della provincia.